Az ezredet a honvédelmi miniszter a 26/2007. számú határozatával 2007. március 1-jei hatállyal alapította, 22/2007. számú határozatával megszüntetve a 12. Arrabona légvédelmi rakétadandárt. Az ezred közvetlen jogelődjét a 34/2001. számú határozatával 2000. október 1-jei hatállyal alapította, amikor is annak elődszervezete – az 1997. évi haderő-átalakítás során felszámolt 7. (Keszthely), 14. Rába (Győr) és a 15. Kalocsa (Kalocsa) légvédelmi rakétaezredek bázisán 1997. szeptember 1-jén Győr helyőrségben megalakult 12. vegyes légvédelmi rakétaezred – befejezte tevékenységét. Jelenlegi szervezete – a felszámolt 5. légvédelmi rakétaezred (Nagyoroszi) eszközeinek, a fejlesztett és modernizált rendszerek alkalmazásba vételével, valamint a 25. Klapka György könnyű lövészdandár légvédelmi ütegének átvételével – 2004-2005-ben alakult ki. Az ezred a Honvédség egyetlen légvédelmi rakéta fegyvernemi katonai szervezete.
1950. 04. 15. Miskolc – 1997. 08. 31. Keszthely
1950 – 1975 légvédelmi ágyúk és géppuskák
1975 – 1981 SA–6 lé. rak. rendszerek
1981 – 1997 SA–4 lé. rak. rendszerek
1951. 11. 01. Szentes – 1997. 08. 31. Győr
1951 – 1978 légvédelmi ágyúk és géppuskák
1978 – 1997 SA–6 lé. rak. rendszerek
1962. 10. 30. Kalocsa – 1997. 08. 31. Kalocsa
1962 – 1981 légvédelmi ágyúk és géppuskák
1981 – 1997 SA–6 lé. rak. rendszerek
1997. 09. 01 – 2000. 10. 01. Győr
1997 – 2000 SA–4 lé. rak. rendszerek, SA–6 lé. rak. rendszerek
1950. 04. 15. Diósjenő – 2004. 09. 30. Nagyoroszi
1950 – 1998 légvédelmi ágyúk és géppuskák
1998 – 2004 MISTRAL légvédelmi rakétarendszerek